Neo thấy mình bị mắc kẹt giữa ma trận và thế giới thực. Trong khi đó, Zion đang chuẩn bị cho cuộc chiến sắp tới với các máy móc với rất ít cơ hội sinh tồn. Các cộng sự của Neo bắt đầu giải phóng anh ta khỏi Merovingian vì người ta tin rằng anh ta là người sẽ kết thúc cuộc chiến giữa con người và máy móc. Những gì họ không biết là có một mối đe dọa từ bên thứ ba, một người có kế hoạch tiêu diệt cả hai thế giới.